Ήδη από την έναρξη των εχθροπραξιών σοβούσε σοβαρή διαφωνία μεταξύ του αρχιστράτηγου διαδόχου Κωνσταντίνου και του υπουργού Στρατιωτικών Ελευθερίου Βενιζέλου για τους στόχους του ελληνικού στρατού. Ο Κωνσταντίνος επιθυμούσε να προωθήσει τον ελληνικό στρατό προς βορρά για να καταλάβει το Μοναστήρι, ορίζοντας με αυτόν τον τρόπο τις ελληνικές διεκδικήσεις απέναντι στη Σερβία, ενώ ο Βενιζέλος βλέποντας την πιθανότητα να καταληφθεί η Θεσσαλονίκη από το βουλγαρικό στρατό, πίεζε τον Κωνσταντίνο να κατευθυνθεί προς την πρωτεύουσα της μακεδονικής γης. Ο Βενιζέλος αναγκάστηκε να κάνει χρήση του αξιώματός του και να στείλει τον βασιλέα Γεώργιο Α' στο μέτωπο για να κάμψει την αντίσταση του Κωνσταντίνου και να κατευθύνει τον ελληνικό στρατό προς τη Θεσσαλονίκη. Στις 25 Οκτωβρίου παρουσιάστηκαν στην εμπροσθοφυλακή του ελληνικού στρατού οι ευρωπαίοι πρόξενοι της Θεσσαλονίκης και ο Τούρκος στρατηγός Σαδίλκ που ζητούσαν να παραδώσουν υπό όρους τη Θεσσαλονίκη στον ελληνικό στρατό. Ο Κωνσταντίνος όμως απέρριψε δύο φορές τους όρους του Τούρκου αρχιστράτηγου Χασάν Ταξίν πασά με αποτέλεσμα να χαθεί πολύτιμος χρόνος και να επίκειται η κατάληψη της Θεσσαλονίκης από τον βουλγαρικό στρατό. Τότε ο Βενιζέλος διέταξε τον Κωνσταντίνο να καταλάβει τη Θεσσαλονίκη χωρίς καθυστέρηση, καθιστώντας τον μάλιστα προσωπικά υπεύθυνο για ενδεχόμενη απώλειά της. Τελικά ο Ταξίν πασάς αποδέχθηκε τους όρους του Κωνσταντίνου. Στις 26 Οκτωβρίου του 1912 έσπευσαν οι πληρεξούσιοι αξιωματικοί Ιωάννης Μεταξάς και Βίκτωρ Δούσμανης στο Διοικητήριο της Θεσσαλονίκης και υπέγραψαν τα σχετικά πρωτόκολλα παράδοσης της πόλης στον ελληνικό στρατό. Το ίδιο βράδυ μπήκαν στην πόλη δύο ευζωνικά τάγματα της Ζ' μεραρχίας, ενώ οι Α', Β', Γ', Δ' μεραρχίες με την υπόλοιπη δύναμη της Ζ' έλαβαν θέσεις στα υψώματα γύρω από την πόλη. Την επόμενη ημέρα υπογράφηκε συμπληρωματικό πρωτόκολλο με το οποίο παραδίνονταν όλη η φρουρά της Θεσσαλονίκης στους Έλληνες, που ανέρχονταν σε 25.000 στρατιώτες και 1.000 αξιωματικούς με τον βαρύ και ατομικό οπλισμό τους. Ήδη από τις 26 Οκτωβρίου ο Κωνσταντίνος έστειλε μήνυμα προς τον Βούλγαρο στρατηγό Θεοδωρώφ που κατευθύνονταν με μία μεραρχία προς τη Θεσσαλονίκη, ότι η απελευθέρωση της πόλης συνετελέσθη και ότι μπορεί πλέον να αλλάξει πορεία. Όμως ο Θεοδωρώφ έστειλε απεσταλμένο αξιωματικό στον Ταξίν πασά ζητώντας του να υπογράψει πρωτόκολλο παράδοσης της Θεσσαλονίκης, παρόμοιο με εκείνο που μόλις είχε συνάψει με τους Ελληνες, προκειμένου να εμφανιστεί ως συναπελευθερωτής της πόλης. Ο Ταξίν αρνήθηκε. Ο Θεοδωρώφ φθάνοντας στις 28 Οκτωβρίου έξω από τη Θεσσαλονίκη ζήτησε να εισέλθει στην πόλη για να στρατοπεδεύσει. Ύστερα από διαπραγματεύσεις, επιτράπηκε να εισέλθουν δύο βουλγαρικά τάγματα στη Θεσσαλονίκη για να ξεκουραστούν, αλλά η βουλγαρική δύναμη που εισήλθε στην πόλη ανήλθε σε ολόκληρο σύνταγμα.