Το φυσικό περιβάλλον του Αγίου Όρους αποτελεί το αντικείμενο της πρώτης από τις τέσσερις ενότητες της Έκθεσης και παρουσιάζεται με μία φωτογραφική έκθεση που περιλαμβάνει τις εξής ενότητες: 1) Τη βλάστηση του Αγίου Όρους, 2) Τις εποχές του έτους, 3) Ειδικά τοπία, 4)Ανθρώπινες δραστηριότητες και φυσικό περιβάλλον. Η έκθεση συμπληρώνεται με μία βιντεοταινία και ειδικές εκδόσεις που αφορούν την πανίδα τη χλωρίδα και τη βλάστηση του Αγίου Όρους.

Η πολιτιστική κληρονομιά του Αγίου Όρους δεν περιορίζεται μόνο στα θαυμάσια αρχιτεκτονήματα και τα μοναδικά κειμήλια των ιερών μονών, σκητών και κελιών αλλά εκτείνεται και στο απαράμιλλο και επίσης μοναδικό φυσικό περιβάλλον, το τοπίο που περιβάλει τις ιερές μονές. Η Αθωνική πολιτεία διαθέτει ένα παρθένο και μοναδικού κάλους φυσικό περιβάλλον με κυριότερο χαρακτηριστικό τα οικοσυστήματα με την μεγάλη ποικιλία φυτών -ένα μωσαϊκό βλάστησης ημιερημικού, ευρομεσογειακού, υποηπειρωτικού, ηπειρωτικού μεσοερωπαϊκού, υπαλπικού και αλπικού τύπου- και ζώων σε ένα αρχέγονο περιβάλλον όπου ποτέ δεν υπήρξε αδικαιολόγητη ανθρώπινη παρέμβαση.


"Αυτό οφείλεται στη σχετική απομόνωση της Χερσονήσου του Άθω, στη γεωγραφική της θέση, στην ποικιλία των πετρωμάτων, στο πολυσχιδές ανάγλυφο της περιοχής και στο μεγάλο σχετικά υπερθαλάσσιο ύψος του κυρίως Άθω, ο οποίος ανορθώνεται απότομα, ως κώνος,από την επιφάνεια της θάλασσας, για να φτάσει σε οριζόντια απόσταση λίγων χιλιομέτρων στο υπερθαλάσσιο ύψος των 2.033 μέτρων αλλά και στην ποικιλία των τοπικών κλιμάτων, που δημιουργούνται με το συνδυασμό των παραπάνω παραγόντων, και τα οποία εκδηλώνονται στην εμφάνιση του μωσαϊκού της βλάστησης. Ενός μωσαϊκού που περιλαμβάνει τύπους βλάστησης από τους ημιερημικούς των βραχωδών ακτών με την δενδρώδη εφόρβια, τους ευμεσογειακούς τύπους βλάστησης της αγριελιάς, του σχίνου, του φιλυκίου, της αριάς, της φράξου, της δάφνης, της κουμαριάς, της ερείκης κλπ τους υποηπειρωτικούς της δρυός και της καστανιάς, της μαύρης πεύκης και της ελάτης, τους μεσευρωπαϊκούς-ηπειρωτικούς της οξιάς και των σφενδαμιών μέχρι του υπαλπικούς και αλπικούς τύπους" εξηγεί ο έφορος του εκθεσιακού τομέα "Φύση και φυσικό περιβάλλον" ομότιμος καθηγητής του ΑΠΘ Σπύρος Ντάφης.

Πέρα από την ποικιλία των ειδών και των μορφών της βλάστησης το Άγιον Όρος διαθέτει σημαντικό αριθμό ενδημικών ειδών, ενώ σύμφωνα με τον κ. Ντάφη, το βασικότερο χαρακτηριστικό είναι η φυσικότητα των οικοσυστημάτων, τουλάχιστον σε ότι αφορά την ποιοτική τους σύνθεση.