Όμως η θρησκευτική και η εκπαιδευτική δραστηριότητα των Βουλγάρων δεν είχε τα αποτελέσματα που περίμεναν. Αν εξαιρέσει κανείς τις πρώτες προσχωρήσεις πληθυσμών στην Εξαρχία, φάνηκε πολύ γρήγορα ότι οι χριστιανοί της Μακεδονίας δεν ήταν πρόθυμοι στην πλειοψηφία τους να εγκαταλείψουν το Πατριαρχείο και την ελληνική εκπαίδευση για χάρη των Βουλγάρων. Έτσι άρχισαν να εμφανίζονται στη Βουλγαρία τα πρώτα κομιτάτα.

Από τα τέλη της δεκαετίας του 1880 είχαν δημιουργηθεί στη Βουλγαρία αρκετές οργανώσεις και κομιτάτα, που με τον έναν ή τον άλλο τρόπο αγωνίζονταν για την αύξηση της βουλγαρικής επιρροής στη Μακεδονία. Τα περισσότερα από αυτά προχώρησαν το 1895 στη δημιουργία του "Ανώτατου Μακεδονικού Κομιτάτου" (Βερχόβεν Κομιτέτ), με επικεφαλής τον στρατηγό Τσόντσεφ, φίλο του πρίγκιπα Φερδινάνδου, ηγεμόνα τς Βουλγαρίας. Αν και η επιθυμία των βερχοφιστών ήταν αναμφίβολα η προσάρτηση της Μακεδονίας στη Βουλγαρία, ωστόσο τάχθηκαν υπέρ της αυτονομίας της Μακεδονίας, επειδή κάθε προσπάθεια ενσωμάτωσής της στη Βουλγαρία θα πυροδοτούσε διεθνείς αντιδράσεις.

Όμως το σημαντικότερο κομιτάτο ήταν άλλο. Η Εσωτερική Μακεδονική Επαναστατική Οργάνωση ιδρύθηκε στα τέλη Οκτωβρίου 1893 στη Θεσσαλονίκη, από Βουλγάρους που κατάγονταν από τη Μακεδονία. Ηγετικά στελέχη στην οργάνωση αυτή ήταν ο Ντάμε Γκρούεφ και ο Γκότσε Ντέλτσεφ. Στόχος της οργάνωσης ήταν η "πλήρης πολιτική αυτονομία" της Μακεδονίας και της Θράκης. Ο βουλγαρικός χαρακτήρας της οργάνωσης καθοριζόταν με σαφήνεια αφού μέλος της Οργάνωσης μπορούσε να γίνει κάθε Βούλγαρος που θα ήθελε να αγωνιστεί για την απελευθέρωση των Βουλγάρων στη Μακεδονία και τη Θράκη. Αυτό θα γινόταν με την αφύπνιση των Βουλγάρων και τη διάδοση της ιδέας της επανάστασης.

Σύντομα κατάλαβαν ότι δεν ήταν εύκολη υπόθεση η προπαγάνδιση των ιδεών της ΕΜΕΟ σε πληθυσμούς αγροτικούς, που χαρακτηρίζονται από έναν έμφυτο συντηρητισμό και μια επιφυλακτικότητα απέναντι σε κάθε αλλαγή, ιδίως στην Οθωμανική αυτοκρατορία, όπου κάθε επαναστατικό κίνημα είχε αποτέλεσμα τις τουρκικές βιαιότητες σε βάρος των χριστιανικών πληθυσμών. Έτσι στράφηκαν προς τη βία. Τα ένοπλα σώματα της ΕΜΕΟ άρχισαν να εμφανίζονται το 1899.

Αρχικά επιδόθηκαν στην εξόντωση εκείνων που συνεργάζονταν με τις οθωμανικές αρχές και στην είσπραξη εισφορών για το ταμείο της ΕΜΕΟ. Αργότερα επικέντρωσαν την δραστηριότητά τους στην τρομοκράτηση των πατριαρχικών χωριών. Εισέρχονταν στα χωριά και φόνευαν τους σημαντικότερους υποστηρικτές του Πατριαρχείου, συνήθως κληρικούς, δασκάλους και προεστούς με αποτέλεσμα οι χωρικοί τρομοκρατημένοι να μεταστρέφονται στην Εξαρχία. Οι δάσκαλοι που έστελνε το βουλγαρικό κράτος στα χωριά αυτά συνήθως ήταν μέλη της ΕΜΕΟ.

Τον Οκτώβριο του 1902 ξεσπούν ταραχές στην Άνω Τζουμαγιά. Οι βερχοφιστές από το καλοκαίρι του ίδιου έτους είχαν προχωρήσει σε ενέργειες για την έκρηξη επαναστατικού κινήματος στη Μακεδονία. Στις 8 Οκτωβρίου ο στρατηγός Τσόντσεφ, αρχηγός του Βερχοφιστικού κομιτάτου έφθασε με πλήθος κομιτατζήδων στην Άνω Τζουμαγιά και κινήθηκε εναντίον των οθωμανικών δυνάμεων και του μουσουλμανικού πληθυσμού. Όμως παρά τις προσδοκίες του για εξέγερση του χριστιανικού πληθυσμού, μόνον 19 από τα 40 χωριά της περιοχής προσχώρησαν στο κίνημά του. Η ήττα των Βερχοφιστών ήταν αναπόφευκτη.