Η αναπτυξιακή προσπάθεια επικεντρώνεται στους στόχους:

	Αξιοποίηση της θέσης της Περιφέρειας στον ευρύτερο χώρο.
	Αξιοποίηση των πόρων και βελτίωση της ελκυστικότητας της για την προσέλκυση επιχειρηματικών δραστηριοτήτων.
	Βελτίωση της κοινωνικής υποδομής.
	Αξιοποίηση του ανθρώπινου δυναμικού.
	Προστασία του περιβάλλοντος.

Πιο αναλυτικά και για κάθε Υποπρόγραμμα προβλέπονται οι παρακάτω παρεμβάσεις:

Για το πρώτο Υποπρόγραμμα "Πρόγραμμα Ανάπτυξης της Βιομηχανίας" (προϋπολογισμού 168 MECU) προβλέπονται ενέργειες, που έχουν σαν στόχο τη βελτίωση των δικτύων εξυπηρέτησης των μεταφορών από την Περιφέρεια προς την υπόλοιπη χώρα και προς Βουλγαρία.
Στα πλαίσια αυτά ολοκληρώνεται η βελτίωση του οριζόντιου οδικού άξονα Θεσσαλονίκης - Κήπων, η βελτίωση των καθέτων αξόνων Αλεξανδρούπολης - Ορμενίου και Καβάλας - Δράμας - Εξοχής.
Για την ενίσχυση των ΜΜΕ προωθείται η δημιουργία του φορέα ΜΜΕ, προβλέπονται ενέργειες για την αξιολόγηση του ορυκτού πλούτου, την ανάπτυξη της έρευνας και της τεχνολογίας, καθώς και προγράμματα κατάρτισης και εξειδίκευση του ανθρώπινου δυναμικού.

Στα πλαίσια του δεύτερου Υποπρογράμματος "Αγροτική Ανάπτυξη" (προϋπολογισμού 149 MECU) προβλέπονται παρεμβάσεις, που έχουν σαν στόχο την αξιοποίηση των μεγάλων δυνατοτήτων που διαθέτει ο αγροτικός τομέας. Έτσι προβλέπονται ενέργειες υποβοηθητικές για την στήριξη της αναδιάρθρωσης των καλλιεργειών, την αξιοποίηση των εύφορων πεδινών εκτάσεων και του υπάρχοντος υδάτινου δυναμικού, την ενίσχυση της κτηνοτροφίας και δασοπονίας, την αξιοποίηση των πλούσιων αλιευτικών πεδίων. Το Υποπρόγραμμα συμπληρώνεται με την πρόβλεψη προγραμμάτων κατάρτισης αγροτών πάνω σε θέματα βελτίωσης της παραγωγικότητας και εφαρμογής νέων μεθόδων καλλιεργειών.

To τρίτο Υποπρόγραμμα "Τουρισμός - Περιβάλλον - Ποιότητα Ζωής" (προϋπολογισμού 137 MECU) αφορά την ανάπτυξη του Τουρισμού, την προστασία του περιβάλλοντος με την υιοθέτηση της αρχής ότι το περιβάλλον μπορεί να διατηρηθεί και να αξιοποιηθεί οικονομικά παραμένοντας ταυτόχρονα φιλικό προς το κοινωνικό σύνολο και την Ποιότητα Ζωής.
Οι κύριες παρεμβάσεις στα πλαίσια του Υποπρογράμματος αυτού αφορούν την αξιοποίηση πόρων για την ανάπτυξη εναλλακτικών μορφών τουρισμού, εκτός του παραδοσιακού παραθεριστικού, όπως είναι ο ιαματικός, ο χειμερινός, ο ισδτορικός, ο οικολογικός και ο θρησκευτικός.

Με το τέταρτο Υποπρόγραμμα "Ανθρώπινοι Πόροι" (προϋπολογισμού 80 MECU) προωθείται η αξιοποίηση του ανθρώπινου δυναμικού της Περιφέρειας με παρεμβάσεις, που έχουν σχέση με την συνέχιση της ανάπτυξης του Πανεπιστημίου (Νομική Σχολή και Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Αλεξανδρούπολης), την υποδομή της δευτεροβάθμιας και τριτοβάθμιας εκπαίδευσης, την αντιμετώπιση των προβλημάτων των κοινωνικά αποκλεισμένων ομάδων, την κατάρτιση των ατόμων μακροχρόνειας ανεργείας.

Το πέμπτο Υποπρόγραμμα "Ειδικό Πρόγραμμα Τοπικής Αυτοδιοίκησης" (προϋπολογισμού 70 MECU) στοχεύει στην ενίσχυση των νέων δομών, που προωθούνται για την τοπική αυτοδιοίκηση, με ενέργειες για την βελτίωση των υποδομών των μεγάλων οικισμών, συνδέσμων κοινοτήτων, στην προστασία του οικιστικού περιβάλλοντος, την ενίσχυση των τοπικών συνδέσμων και συλλόγων

Το Υποπρόγραμμα "Ολοκλήρωση λειτουργικών χαρακτηριστικών έργων" ΠΕΠ 89-93 (προϋπολογισμού 48 MECU) είναι περιορισμένης διάρκειας και αφορά τη χρηματοδότηση της ολοκλήρωσης φάσεων και έργων του προγράμματος ΠΕΠ 89-93, ώστε να είναι λειτουργικά.

Το Υποπρόγραμμα "Εφαρμογή" (προϋπολογισμού 7 MECU) είναι βοηθητικό για την κάλυψη λειτουργικών δαπανών της Επιτροπής Παρακολούθησης.

Παράλληλα διάφορες κοινοτικές πρωτοβουλίες όπως Interreg II, LEADER II κ.λ.π. στηρίζουν την στρατηγική ανάπτυξη της Περιφέρειας Αν. Μακεδονίας - Θράκης.